大阪府堺市、羽曳野市、藤井寺市に点在する「百舌鳥・古市古墳群」。
古墳時代の最盛期であった4世紀後半～5世紀後半にかけて百舌鳥・古市古墳群を規範とし日本各地で造営されました。また、世界でも独特な墳長500メートル近くに達する前方後円墳から20メートル台の墳墓まで大きさと形状に多様な古墳を配置していることは、当時の政治的、社会的支配の実態を反映しており、古墳造営の独自の文化的伝統があったことを示唆する物証であることが評価され、2019年、世界文化遺産に登録されました。

奈良県奈良市に点在する「古都奈良の文化財」。
8世紀の中国、朝鮮半島との文化的交流を表す建造物群であること、日本国家の基礎が整った古代都城・平城京の様子を伝える遺産群であること、日本独自の神道思想と仏教文化が育まれ今も文化として残されている事が評価され、1998年、文化遺産に登録されました。

京都府京都市、宇治市、滋賀県大津市に点在する「古都京都の文化財」。
平安時代から江戸時代までの各時代を代表する建築様式、庭園様式、文化的背景を今に伝えていること、その後の日本の建築、造園、都市計画の発展に大きな影響を及ぼしたことが評価され、1994年、文化遺産に登録されました。

法隆寺をはじめとするこの地域の仏教建築物は聖徳太子と縁が深く、中国の六朝時代の建築の影響を大きくに受けています。特に、法隆寺の西院伽藍（さいいんがらん）は、世界最古の木造建築として国際的にも有名です。

天を舞う白鷺のように見える姫路城は別名白鷺城（はくろじょう）ともいわれます。
この姫路城は、安土桃山時代から江戸時代初期にかけての建築技術の傑作といわれ、軍事的・芸術的にもっとも完成された文化財として1993年12月、法隆寺とともに日本で初の世界文化遺産に指定されました。
姫路城は、徳川家康の次女督姫を妻とする池田輝政により建てられたもので、関ヶ原の戦いの翌年にあたる慶長6年（1601年）から8年の歳月が費やされ5層7階の天守となりました。

和歌山・奈良・三重にまたがり、吉野山などを含む「吉野・大峯（おおみね）」、熊野三山などを含む「熊野」、金剛峯寺などを含む「高野山」の3霊場と、大峯奥駈道（おおみねおくがけみち）や中辺路（なかへち）、伊勢路、高野山町石道などの参詣道（熊野古道）に分けられます。千年余にわたる日本の宗教文化の発展に関して、ひときわ優れた証拠性を持ち、神道と仏教の融合や、東アジアの宗教文化の交流と発展を証明するものであることなどが登録の決め手となりました。

石見銀山は、戦国時代後期から江戸時代前期にかけて最盛期を迎えた日本最大の銀山（現在は閉山）です。一般に銀山開発においては銀の精錬（せいれん）のため大量の薪炭（しんたん）用木材が必要です。
石見銀山は適切な森林の管理がなされたことで環境への負荷の少ない開発がされ、銀山一帯には広葉樹などを含む森林が残されています。この事が評価され、2007年に文化遺産に登録されました。

原爆ドームの名で知られる広島平和記念碑は、日本の広島市に投下された原子爆弾の惨禍（さんか）を今に伝える記念碑（被爆建物）です。
もとは広島県物産陳列館として開館し、原爆投下当時は広島県産業奨励館と呼ばれていました。
世界遺産（文化遺産）に登録され、“二度と同じような悲劇が起こらないように”
との戒めや願いをこめて、負の世界遺産とも呼ばれています。

広島県廿日市市宮島町にある「嚴島神社」、海上に建ち並ぶ建造物群と背後の弥山原始林とが一体となった独創的な神社建築であること、建造物の多くが平安時代の寝殿造りの特徴をもつ建築であることなどが評価され、1996年、文化遺産に登録されました。

屋久島の全面積の約2割に相当する10,747haが世界自然遺産地域として登録されています。
当該地域は、国立公園や森林生態系保護地域の一部のほか、原生自然環境保全地域と国指定の天然記念物（屋久島スギ原始林）の全部が重複しており、海岸線近くの亜熱帯的な要素を含む照葉樹林帯から、山岳部のスギ林帯、ヤクシマダケ草原帯までが含まれています。

航海の安全などを願い多くの装飾品などを用いた祭祀が行われていたことや、それが日本固有の信仰として今に伝えられていること、祭祀権を掌握した古代有力氏族に関連する遺跡群が遺され、現在でもその信仰が継続されていることが評価され、登録されています。

宣教師ザビエルが日本に初めてキリスト教を伝えて以来、南蛮貿易が盛んだった長崎・天草地方には宣教師らが定住し、熱心なキリスト教の信仰組織が形成されました。しかし、江戸幕府の禁教政策により宣教師は国外に追われます。人々は密かにキリスト教の信仰を継承しました。明治政府によりキリスト教禁教令が解かれると、五島列島などに潜伏しながら信仰を守ってきた人々は、その土地に信仰継承の証として教会堂を建てました。250年以上の世界的にも稀な長期にわたる禁教の下、「潜伏キリシタン」の信仰の歴史と独特の伝統が、顕著な普遍的価値を有すると評価され、それを表す12の構成資産が世界文化遺産に登録されました。

沖縄県に点在する「琉球王国のグスク及び関連遺産群」、東南アジア、中国、朝鮮半島、日本と経済的政治的交流をもっていたことを表す建造物群であること、琉球王国の遺跡と文化的伝統を今に伝える遺産であること、自然崇拝、祖先崇拝という沖縄伝統の信仰形態を伝えていることが評価され、2000年、文化遺産に登録されました。

2021年7月「世界自然遺産」登録
鹿児島県・沖縄県

鹿児島県の奄美大島、徳之島、沖縄県の沖縄本島北部、西表島は、世界的にも希少な固有種が多く、生物の多様性が残る貴重な地域として、2021年世界自然遺産に登録されています。